Bandeira de 1667 a 1707

Neste ano dá-se o golpe de estado que afasta do poder D. Afonso VI e coloca na regência do reino o seu irmão D. Pedro II, que procede a nova mudança na bandeira (pelos mesmos motivos que Afonso III, João I e Manuel I). A coroa real fechada com três arcos passa a ter cinco arcos visíveis, simbolizando assim um novo reforço da autoridade régia.
D. Pedro usou como bandeira pessoal as armas nacionais sobre fundo verde.